Ovbiamente,todo seria saber a que clase de "virus" te enfrentas, y en ese caso, actuar de una manera u otra.
Opciones:
A) Pasa antivirus,antispyware,antimalware,ccleaner... etc etc etc.Vamos, hacer una limpieza.( incluso de las claves de registro).
B) Hay virus mas "duros" que si con nada de lo anterior funciona,deberías intentar un "restaurar sistema", siempre y cuando tengas copias anteriores a cuando el virus se manifestó.Esto te devolvería a la fecha en la que se creo dicho punto de restauración
C) Reinstalar/Reparar Windows ( en el caso de que uses este O.S.),esta opción mantiene los archivos del usuario,pero si tienes la mala suerte de que el virus se encuentra entre ellos, estarás en las mismas al poco tiempo.
D) Formateo, guarda ( si puedes) todo lo que puedas en DVD o Nubes.( no te recomiendo nada por USB, dado que muchos virus usan esos medios para propagarse, como hacían antiguamente con los Disquetes).Perderás todo, si... pero así empezaras COMPLETAMENTE LIMPIO!
PD:Si en algo estoy equivocado, que algún 100tifi... ejem...hinformatikoh HALTAMEhNTEh KOALificado meh korriga