En realidad, la señal phono otro problema que tiene aparte de que es de nivel bajo (como bien dices, va directamente de la cápsula a la mesa de mezclas), es que no tiene un espectro plano.
La cápsula es un transductor: convierte un desplazamiento mecánico en una señal eléctrica mediante unas bobinas e imanes. Sin embargo, en el mismo surco tienen que ir tanto las señales de mayor rango dinámico, y con una cierta frecuencia (por ejemplo, un bombo) y otras señales con una amplitud mucho menor, o en otro margen de frecuencias (por ejemplo, un susurro). Si las marcas físicas sobre el surco fuesen lineales, cuando la aguja sufriese un gran desplazamiento por un bombo, no "reproduciría" con la misma fidelidad un susurro o una voz, porque quedarían enmascaradas las bajas frecuencias. Para corregirlo, se necesitaría un surco muy grande para las bajas frecuencias, pero muy estrechito cuando se quiere que la aguja oscile muy rápidamente (altas frecuencias). Además, el ruido que se produce al reproducir un disco de vinilo suele ser de alta frecuencia.
La solución es que en lugar de grabar el sonido con espectro plano (es decir, tal como lo oímos), se acentúa más la banda alta, y se reduce la amplitud de las bajas frecuencias. Así se consigue tener una relación señal a ruido aproximadamente igual en toda la banda audible, a la vez que los desplazamientos de la aguja son más "equilibrados".
Para "linealizar" o "corregir" este espectro, se emplea un preamplificador o corrector RIAA, que lo que hace es atenuar las altas frecuencias, y amplificar las bajas, es decir, aplicar una curva de amplitud complementaria al espectro de un disco de vinilo.
Estos preamplificadores no sólo linealizan la señal, sino que también tienen efecto de amplificación. Suelen ser una de las partes más caras de las mesas de mezclas, y no es raro que los fabricantes de mesas digan "esta mesa lleva preamps RIAA de la marca patatín", puesto que el desarrollo de estos preamplificadores se debe ajustar a un estándar que define la propia RIAA.
El efecto de que el espectro en un disco de vinilo no sea plano lo podéis notar acercando el oído a la aguja cuando se está reproduciendo el disco; fijaos que se escuchan los agudos, los charles, los platillos... y sin embargo, por muy potente que sea el bombo, es muy raro que se escuche.
Y lo de conectar una señal phono a una entrada de línea o viceversa lo que hace es que no se rectifique la señal, es decir, se distorsione, o se esté rectificando algo que ya estaba con espectro plano, es decir, de nuevo se distorsiona la señal.
Respecto a lo que comentábais de la conexión de los altavoces, en teoría daría igual poner el cable negro en el rojo y viceversa. Pero en realidad es muy distinto. El sonido es una onda de presión: el cono del altavoz, al moverse, desplaza el aire que tiene delante. Para ello se basa en una bobina y un imán; cuanta más tensión, más desplazamiento.
Sin embargo, si lo conectas al revés, está invertido en fase, y en lugar de moverse hacia donde debe, el desplazamiento del cono sería en sentido contrario. Para el oído creo que no hay grandes diferencias, pero si conectas un altavoz así, y el otro lo enchufas bien, estarán en contrafase, y aunque las dos señales no sean iguales, pueden entrar en interferencia destructiva, o, por lo menos, dar la sensación de que se pierde el estéreo, o que una de las cajas suena más que la otra.
Además, si el cono tiene un tope en su parte trasera, si se conectan los cables al revés, y por tanto se intenta desplazar el cono hacia atrás en lugar de hacia alante, se está aplicando una fuerza mecánica que no produce desplazamiento, y como el imán no se desplaza, no varía el campo magnético, pero como se sigue aplicando señal, puede calentarse o incluso quemarse la bobina.
Ojo, como siempre, esto es lo que creo y lo que me dice la intuición y lo poco que sé; lo más seguro es que la haya cagado en algo

de modo que lo siento mucho.
PD: si os fijáis, es curioso que en audio casi nunca se hable de "lo bien que suena un plato", y es que en realidad el plato giradiscos únicamente lo que hace es permitir que la aguja lea el surco, y producir el menor ruido posible. Pero en realidad, desde las bornas de la cápsula hasta el RCA de salida no hay nada más que cable, así que a nada que éste sea de una mínima calidad, lo que determina que suene bien o mal la música es únicamente la cápsula y la cascada de amplificación (mesa-ampli-cajas)